Ele realmente depende de onde ele começa, pois o Windows carregará os serviços antes de coisas na pasta de inicialização, por exemplo ... No gerenciador de tarefas, você costumava agendar tarefas para executar depois de fazer login - veja se consegue fazer isso com um atraso de tempo após o login, digamos 10/20 segundos (realmente depende da velocidade de inicialização).
O banner.exe é provavelmente iniciado por um script de logon ou por uma política de grupo.