Resposta simples - Não. Não sem software / hardware de terceiros.
O ventilador provavelmente está ligado a um conector na placa que consome energia diretamente do slot PCI-E, é a velocidade 'inativa' (mais lenta) é a voltagem padrão. O aumento de carga / uso (& fanspeed) é controlável, mas para realmente desligá-lo provavelmente envolveria desligar a energia dos slots PCI-E (o que não é possível).
A solução mais fácil seria uma solução de ventilador diferente que requer energia de um conector que você pode controlar (ou seja, a partir da PSU - basta usar um comutador em linha ou um fanbus).
Apenas esteja ciente de que, mesmo com o cartão desativado / não em uso, provavelmente ele ainda está recebendo tensão e há uma possibilidade de danificar a placa se houver resfriamento zero - isto é, passiva não é suficiente.