use tar (1)
Sim, o programa tar archive é uma boa maneira de checar um diretório linux.
Uma vantagem de fazer isso dessa forma é, então, não importa qual seja o sistema de arquivos intermediário. Por exemplo, você pode colocar o arquivo .tgz em uma unidade flash FAT32 ou qualquer outra coisa e, desde que a extração seja feita em outro sistema similar ao Unix, todos os metadados sobreviverão.
$ tar cvfz /somewhere/else/backup.tgz . # save current directory and everything underneath
...
# later, on a Unix box...
$ mkdir my_old_dir; cd my_old_dir
$ tar xvfz /whatever/backup.tgz