Eu não tenho um Linux Mint rodando aqui, mas se você estiver usando o Gnome, você deve clicar com o botão direito do mouse sobre o ícone do menu (o ícone que você clica para acessar a lista de aplicativos) e selecionar "Editar Menus" . Lá você pode editar a entrada do menu antigo e apontá-la para a nova versão.