Isso aconteceu comigo também. Corrigido inserindo credenciais de administrador em todos os (cerca de 10) prompts de senha em sucessão. Não foi possível encontrar outra maneira de corrigir isso. Acho que começou a se comportar assim depois de instalar o iCloud beta.
Eu arrastei uma das caixas de diálogo da enorme pilha de janelas (canto superior direito). Você pode ver que há muitas janelas por causa da sombra mais escura sob a pilha.