Se o seu objetivo final for verdadeiramente para reinstalar o MBR do Windows, usando um CD do WinPE, e executar o fdisk / mbr deve fazer o truque. No entanto, se o seu objetivo real é ser capaz de dual boot, então adicione a informação chainload em sua configuração do grub. Você não precisa reinstalar o MBR do Windows para obter o grub para o chainload.
Como um exemplo, quando eu construo um sistema dual boot, eu instalo o Windows primeiro no que acaba sendo / dev / sda1. Então eu instalo o Linux no resto da unidade (geralmente com / boot em / dev / sda2). Assim que o grub é instalado durante o processo de instalação do Linux, a partição do Windows fica indisponível. Eu termino configurando a carga da corrente no grub, e tudo é dourado.
Para configurar o chainloader, de acordo com o que você tem em sua pergunta, você precisa adicionar uma seção como esta no seu grub.conf (ou menu.lst) em / boot:
title Windows
rootnoverify (hd0,1)
chainloader +1
Isso deve funcionar no grub. Se você estiver usando o grub2, seria diferente.