Eu tive algo parecido há algumas semanas atrás, vou resumir a longa história :)
Primeiro de tudo, sobre o servidor em algum momento ver o disco rígido, em seguida, após a reinicialização ou desligamento não pode vê-lo. É um problema de hardware com o controlador RAID, basta substituí-lo.
Eu tenho um servidor HP com 6 HDDs, um dos discos falhou e o servidor não pôde reconhecer o novo HDD, depois de testar 2 novos discos extras sem sucesso, decidimos desligar o servidor e ligá-lo novamente, então ESTRONDO! outro disco falhou e perdeu os dados no ataque.
Depois de dias procurando soluções sem sucesso, decidi substituir o controlador RAID, e o servidor reconheceu um dos discos e voltamos a fazê-lo on-line.
Durante minha busca na internet por soluções encontrei este site: link
Talvez possa consertar seu problema, tente o CD inicializável