Acho que isso é mais difícil do que parece e seus resultados dependem de como os instaladores dos aplicativos que você está usando são gravados. O local dos Arquivos de Programas tem uma entrada de registro e variáveis de ambiente associadas, de modo que, dependendo do instalador, um deles é normalmente verificado, mas ocasionalmente você vai rodar em algum local onde o instalador assume o local padrão. Eu fiz isso de uma maneira um pouco diferente: para a maioria dos aplicativos eu os deixo como estão, mas o Steam que eu instalo na segunda unidade - esse instalador permite a escolha. Para o problema de permissões - onde eu tenho alguns aplicativos que eu quero que a configuração gravável eu geralmente uso a opção de instalação portátil e coloco em uma pasta que eu crio fora dos arquivos de programa para que as subpastas já tenham as permissões corretas. Se possível, você deve considerar evitar alterar permissões em Arquivos de Programas. Alguns aplicativos não usam bem o novo local de configuração do Win7 (diretório de usuários) para aqueles que instalam em um diretório separado que você cria. Lembre-se, no entanto, que você configura isso, em algum momento no futuro, você precisará replicar a configuração ao reinstalar o Windows ou obter um novo sistema.