AFAIK não existe tal coisa.
Você pode configurar seu USB somente para leitura, mas é claro que dessa forma você não pode escrever nada: D Criptografar o sistema de arquivos é outra opção, mas infelizmente requer software especial no host final que pode não estar disponível
De qualquer forma, um AV obviamente não pode ser executado em um dispositivo USB enquanto este estiver desconectado, e quando conectado você já possui o AV do host. Se você não confia no host final, não conecte seu USB! Uma opção sábia para definir para usuários do Windows (que eu suponho que você esteja) é desabilitar a execução automática para USB, pelo menos em seu computador doméstico, já que esta é, na minha experiência, a principal maneira pela qual os vírus se espalham.
Outra opção (melhor uma IMHO) é não usar o Windows, caso em que você realmente não se importa com esses vírus.