Você precisa ter um servidor FTP no servidor linux para usar o filezilla com ele. Como alternativa, você pode executar o servidor filezilla na caixa de janelas e usar o software CLI FTP na caixa linux para extrair arquivos - isso é bastante complicado.
No entanto, se for um servidor linux, não tenho certeza se a caixa linux tem um servidor STP, e você tem acesso SSH, você pode usar SFTP ou SCP para transferir arquivos para ele. Eu prefiro cyberduck (há outros clientes ftp e SCP, mas é o que eu mais gosto).
Client System +-----------------------> Server
+-------------------------------+ +----------------------+
| Running FTP client | | Running FTP server |
|-------------------------------| |----------------------|
| | |Needs account set up |
| username | |on FTP server |
| password | | |
| FTP server hostname/address | | |
| Needs port open (21) | | |
+-------------------------------+ +----------------------+
+-----------------------------------+ +------------------------+
| SFTP/SCP - Winscp or cyberduck | | Running SSH server |
|-----------------------------------| |------------------------|
| Needs account on server | |uses user account |
| Password | |encrypted/secure |
| Account needs access to directory | | |
| needs port 22 | | |
+-----------------------------------+ +------------------------+