Se você planeja atualizar seus pacotes no futuro ou adicionar novos, eu recomendo não confiar nos kludges, mas sim usar as ferramentas certas.
Então, em vez de misturar seus próprios pacotes com um espelho do Ubuntu, considere montar seu próprio repositório pequeno para manter as coisas limpas e isoladas e também assinar seus pacotes para autenticação.
Isso levará um pouco de tempo para definir as coisas, mas economizará muitas dores de cabeça na manutenção.
Descobri que a melhor ferramenta para essa tarefa é reprepro
.
Alguns links para você começar: