Dado que você praticamente substituiu tudo, menos o disco rígido e os drives ópticos, eu começaria a procurar lá.
É provável que o 460 seja uma besta faminta por energia de um cartão e pode ser que, quando ele estiver iniciando, consiga corrente suficiente para puxar uma das linhas de tensão levemente baixas na fonte de alimentação e, assim, dificultar o motor no disco rígido para iniciar rapidamente. Isso seria um sinal de que a fonte de alimentação não é "robusta" o suficiente, que o disco rígido precisa ser transferido para outro barramento de alimentação da fonte de alimentação (ou seja, tentar uma saída diferente da fonte de alimentação) ou que o disco rígido está sendo iniciado para falhar.
Se o motor do disco rígido estiver demorando muito para ser iniciado, isso causará o problema que você está delineando, pois, no momento em que o BIOS for colocado no POST, ele esperaria que em alguns segundos o disco rígido fosse repsond, se Não, então, pode assumir que o disco rígido não está lá para não atrasar o processo de inicialização. Uma reinicialização "consertaria" o problema, já que ele não removeria a energia da unidade e, portanto, o motor já estaria girando quando a BIOS o consultasse e, assim, obteria os dados imediatamente.
O software Speedfan é capaz de consultar o SMART dados na unidade, pode haver alguma indicação de que ela levaria um tempo anormalmente longo para acelerar.
Meu conselho é tentar o Speedfan primeiro para ver se está demorando muito para girar, tente movê-lo para outros cabos de energia (os PSUs atuais normalmente têm dois trilhos de 12 para que uma carga alta em um deles não afete o outro tanto) ou como uma opção final tente outro disco rígido.