O formato de arquivo ISO não foi projetado para armazenar trilhas de áudio e dados, provavelmente é o que você está usando em Star Trek II: Armada . Não tenho certeza sobre o Doom 3 , é possível que ele tenha alguma forma de DRM nele.
Para jogos em particular, apenas usar o InfraRecorder por si só não será a melhor ferramenta para o trabalho. O grande problema que você terá é jogos protegidos contra cópia. Você precisará de uma ferramenta que possa manipular a criação de imagens daqueles que passarão pelos esquemas de DRM no disco. Produtos como Alcohol 52% e Alcohol 120%, CloneCD e Daemon Tools (entre outros) são projetados para lidar com tarefas como fazer imagens de discos protegidos contra cópia, montá-los como drives virtuais e gravá-los em mídia em branco.