Não há opção, pois isso é codificado.
Está no código-fonte atual, src/LocalListView.cpp
e src/RemoteListView.cpp
:
inline int CmpName(const CLocalFileData &data1, const CLocalFileData &data2) const
{
#ifdef __WXMSW__
return data1.name.CmpNoCase(data2.name);
#else
return data1.name.Cmp(data2.name);
#endif
}
O FileZilla só classifica maiúsculas e minúsculas no Windows devido a __WXMSW__
(** wx *** Widgets * ** M *** icro *** s *** oft * ** W *** indows *) sendo definido lá.
Você sempre pode fazer o download dos fontes, alterar essas poucas linhas e recompilar a si mesmo.