Não confie na organização interna de software de gerenciamento de fotos ou serviços da web. Eles podem ser abandonados ou descontinuados.
Não confie em recursos específicos de determinados sistemas operacionais (ou seja, nenhuma marcação ou rótulos de cores no OS X). Você pode querer ou precisar alterar o sistema operacional no futuro.
Use uma estrutura hierárquica de pastas que faça sentido para você. Você pode facilmente espelhar isso, por exemplo para o Dropbox ou um serviço similar para compartilhamento e backup externo.
Armazene as imagens em um formato comum, como JPEG, que corre pouco risco de ser abandonado no futuro.
Use um software de backup ou crie várias cópias do seu "banco de dados" de imagens.
Mantenha tudo simples.