Não tenho certeza do que você quer dizer ineficiente, mas meu palpite é 'não'.
O kernel manipula todos os links simbólicos, o gnumake apenas faz um open () e obtém o arquivo. Qualquer aplicativo de nível de usuário não se importa (bem, raramente se preocupa) sobre se é um link simbólico ou não, apenas obtém o arquivo.
Os níveis extras de links simbólicos dos quais o kernel precisa passar são insignificantes em relação ao tempo de compilação e gravação / liberação do cache em disco.