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deixar o gerenciador de pacotes da sua distribuição fazer o trabalho tem o benefício de ter sempre um sistema consistente. sem falta de deps, sem versões conflitantes. se você desinstalar algo, o gerenciador de pacotes removerá o que foi instalado.
Se você estiver baixando e descompactando o material que deseja instalar e mexendo com os deps, então você é o gerenciador de downloads. coisas que podem ser automatizadas devem ser automatizadas. -
no seu caso:
% dpkg -L php-pear