Basta procurar por "href" em '.vim / autoload / vimwiki_html.vim' e adicionar a string especificada quando apropriado.
Por exemplo mude isto:
let link = '<a href="'.vimwiki#safe_link(a:src).
\ '.html">'.a:caption.'</a>'
para isso:
let link = '<a href="'.vimwiki#safe_link(a:src).
\ '.html?w=SPECIFIED_STRING">'.a:caption.'</a>'
É claro que, para torná-lo menos invasivo e permitir a publicação em destinos diferentes, você pode torná-lo condicional e configurável; -)
Uma abordagem para torná-lo configurável seria a introdução de uma nova variável global, por exemplo, %código%. Faça com que seja um padrão no qual o wikiname será inserido:
let g:vimwiki_internal_link=textbefore__textafter
Por padrão, o valor seria g:vimwiki_internal_link
e você poderia alterá-lo para __.html
.
Então você teria que adicionar código para '.vim / autoload / vimwiki_html.vim' para fazer a substituição.