Ele usa um pouco mais de recursos, mas não seria muito mais do que estender o pool de aplicativos existente - a sobrecarga para criar um novo pool de aplicativos não é muito.
Os pools de aplicativos são realmente sobre isolamento, já que é possível interagir com outros aplicativos em execução no mesmo pool de aplicativos, mesmo se eles estiverem configurados como sites diferentes.
Cada aplicativo / site pode ter seu próprio arquivo web.config.
Não tenho ideia das práticas recomendadas, mas aconselho colocar todos os aplicativos / sites executados em um pool de aplicativos separado. Se você tiver problemas de desempenho ou um aplicativo instável que trave um pool, isolá-los significa que outros pools não serão afetados.