Não é culpa do gnome-terminal ; ele está apenas falando com o daemon gconfd , que tem sua própria visão da sua configuração, que (além da leitura na inicialização) não se importa com o que acontece com os arquivos no disco.
Em vez de editar o XML diretamente, que tal usar o gconftool-2 ou algum outro mecanismo oficial, em vez de percorrer gconfd de volta?
Se isso for muito difícil para você, talvez seja possível gconftool-2 --shutdown sinalizar gconfd para sair, fazer as alterações e, em seguida, gconftool-2 --spawn reiniciar gconfd . No entanto, outros processos usando GSettings ou GConf podem reaver gconfd antes de você terminar.