você pode criar um alias com:
alias gdb='/usr/local/bin/gdb'
ou adicione-o ao seu caminho com
export PATH=/usr/local/bin:$PATH
você pode executar which gdb
para ver qual versão sua sessão está vendo.
espero que isso ajude
edit: observe também que, se você quiser que eles estejam ativos no seu próximo login, você precisará adicioná-los ao seu ~/.profile