Assumindo que "X" e "Y" representam dígitos e que sua linha de exemplo tem 9 "Y" dígitos (tem oito em sua pergunta, mas a divisão que você quer mostra 9), isso deve funcionar:
sed 's/;\([0-9]\{6\}\)\([0-9]\{3\}\);/;;;/;s/;\([0-9]\{9\}\)\([0-9]\{3\}\)\([0-9]\{3\}\);/;;;;/'
Você pode usar variáveis para torná-lo talvez um pouco mais legível:
dig3="[0-9]\{3\}"
dig6="[0-9]\{6\}"
dig9="[0-9]\{9\}"
sed "s/;\($dig6\)\($dig3\);/;;;/;s/;\($dig9\)\($dig3\)\($dig3\);/;;;;/"