Sim, usar uma partição NTFS é o melhor caminho. Suporte NTFS costumava ser problemático no Linux, mas com o driver NTFS-3G, é muito sólido. Como o Windows tem muito pouco suporte para outros sistemas de arquivos, o uso do NTFS é o caminho a ser seguido.
Outra opção seria uma partição VFAT, mas como o VFAT tem vários problemas (checkdisk após o desligamento não limpo, nenhum arquivo > 4GB, ineficiente para grandes partições), o NTFS é o preferido.