Não sei por que instalar a partir de um pendrive é melhor. Eu acho que a maneira mais segura de instalar o Ubuntu é com o wubi. Você não precisa mexer com o gerenciador de partição e ele não reparticiona seu disco rígido. Ele cria uma "partição falsa" que consiste basicamente em um par de arquivos que residem na pasta do Ubuntu no Windows. É incrível.