Encontrei um ótimo aplicativo chamado Partition Wizard. Ele me permite fazer uma varredura de superfície em uma única partição (não na unidade inteira) e posso ver um mapa dessa partição. Eu escaneei minha partição D, e eu vi que em 98% eu tenho setores ruins. Então encolhi a partição em 1 GB e agora posso usá-la com (relativa) confiança:)