Use o utilitário de limpeza de instalação do Windows: KB290301 .
Selecione o Silverlight na lista, baixe o Silverlight novamente e reinstale-o.
Observe que este programa não remove os arquivos ou a pasta, apenas remove a configuração do instalador - o que significa que o Windows não acredita mais que exista uma instalação existente - corrompido ou não. Se você nunca quiser reinstalar o programa, precisará excluir manualmente as pastas da sua unidade - e provavelmente recomendaria a execução de um bom limpador de Registro, como o encontrado em CCleaner -, mas como sempre, certifique-se de seguir os prompts para fazer backup do registro antes de fazer qualquer alteração. Se você for reinstalar a versão mais recente do Silverlight e fizer isso no mesmo local, não será necessário excluir as pastas manualmente.