Sim, seria possível, você disse que quer que essas configurações se apliquem somente ao arquivo * .module e * .inc, então eu modificaria o seu bloco de configuração para ficar assim:
if has("autocmd")
" Drupal *.module and *.install files.
augroup module
autocmd BufRead,BufNewFile *.module set filetype=php
autocmd BufRead,BufNewFile *.install set filetype=php
autocmd BufRead,BufNewFile *.test set filetype=php
autocmd BufRead,BufNewFile *.module set expandtab
autocmd BufRead,BufNewFile *.module set tabstop=2
autocmd BufRead,BufNewFile *.module set shiftwidth=2
autocmd BufRead,BufNewFile *.module set autoindent
autocmd BufRead,BufNewFile *.module set smartindent
autocmd BufRead,BufNewFile *.inc set expandtab
autocmd BufRead,BufNewFile *.inc set tabstop=2
autocmd BufRead,BufNewFile *.inc set shiftwidth=2
autocmd BufRead,BufNewFile *.inc set autoindent
autocmd BufRead,BufNewFile *.inc set smartindent
augroup END
endif
Basicamente, a partir do meu entendimento do VIM é que quase tudo que você pode fazer no arquivo .vimrc pode ser feito através do: prompt no vim, como : set smartindent por exemplo.