Isso é normal!
- O particionamento de disco mudou um pouco para alinhar partições em limites de 1 MB (o que melhora o desempenho em alguns discos rígidos modernos e matrizes RAID; A IBM tem um artigo aprofundado sobre isso).
- As partições lógicas requerem um setor antes de cada partição definida para uma estrutura de dados necessária.
Se você não quiser, altere as opções de alinhamento. Parted hoje em dia tem opções para alinhar partições para o cilindro, para marcas de 1MB, ou não.
2 outros métodos para se livrar deles:
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As partições primárias não precisam do setor extra e podem ser alinhadas sem lacunas; O MBR suporta apenas quatro partições primárias, portanto, essa não é uma opção para todos os discos.
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Alterne para o GPT (GUID Partition Table): ele suporta até 128 partições por padrão e não requer espaço entre as partições.