Já experimentou o applet Network Proxy do Ubuntu? Vá para Sistema > Preferências > Proxy de Rede. Selecione a opção Manual Proxy Configuration e adicione seu URL e porta do proxy. Clique no botão Detalhes e adicione o nome de usuário e a senha. Clique em fechar
Acho que isso funciona para a maioria dos aplicativos no Ubuntu, gráficos e linha de comando. No Firefox. Por exemplo, clique em Editar > Preferências, depois na guia Avançado e no botão Configurações. Selecione as configurações de proxy Usar sistema.
HTH
Angus