Eu acho que isso é o que você quer fazer. Você precisa de três regras nesta ordem.
#1
from C
move it to the C folder
except if from A or B
stop processing
#2
from B
move it to the B folder
except if from A
stop processing
#3
from A
move it to the A folder
stop processing
Isso pressupõe, é claro, que todos os endereços estejam na mensagem.