Você verificou a ordem de inicialização na sua bios?
Além disso, você pode querer verificar o seu arquivo boot.ini
Se você não tem idéia do que ele diz ou é tente olhar para ele com o EasyBCD . Este programa usa uma GUI para mostrar como é sua configuração de inicialização. Pode ser que seus discos estejam ordenados de maneira errada no seu Master Boot Record.