Infelizmente, a resposta é que, por enquanto, você não pode.
Aplicativos Open Source a custo zero são distribuídos através do arquivo extras em extras.ubuntu.com, e os downloads não são rastreados a partir daí.
Aplicativos comerciais são distribuídos por meio de PPAs privados, que têm um método confiável para contabilizar downloads e compras, que são exibidos no gráfico que você vê.
Então, tenho medo de que, até que haja uma implementação de um método confiável de contagem de downloads de um arquivo de empacotamento (extras neste caso), as estatísticas de download permanecerão desabilitadas para aplicativos Open Source a custo zero.