Você precisa explicitamente desativar "Mostrar Contatos do Catálogo de Endereços" (apesar de eu tê-lo ativado) nas configurações gerais para impedir que o Skype capture seus contatos do iPhone.
Como você impede que o Skype seja sincronizado com seus contatos do iPhone?
Parece que a sincronização acontece sempre que você sincroniza seu iPhone no iTunes. Não sei como desligar isso.