Primeiro, eu não tentaria controlar tudo usando arquivos e pastas. Você pode começar com as melhores intenções, mas rapidamente se tornará uma fera para manter e sincronizar. Para as coisas que obviamente devem ser armazenadas em arquivos individuais, você pode usar um sistema de controle de versão como o CVS, o Subversion ou qualquer um dos muitos sistemas concorrentes, mas isso só vai levar você até certo ponto. A maioria das empresas está migrando para aplicativos e armazenamento baseados em nuvem.
Isso me leva a um segundo ponto: não reinvente a roda. Você pode tentar construir seu próprio sistema de homebrew que fará exatamente o que você precisa fazer hoje, mas, no longo prazo, é melhor investir em sistemas existentes que já foram testados em batalha. Há tantos casos extras que você nem pode começar a considerar, e quando você começar a consertar seu sistema interno, você estará gastando muito tempo tentando invadir seu sistema para lidar com todos os cantos estranhos. casos (ou apenas tentando adicionar novas funcionalidades), e em breve você não terá tempo suficiente para se dedicar a cuidar de seus clientes, assim como você gostaria. Eventualmente, o custo de manutenção do seu próprio sistema eclipsará o valor que você pagaria por algum sistema existente, de código aberto ou comercialmente disponível.
Se você estiver satisfeito em ter os documentos hospedados nos servidores do Google, eu recomendo o Google Apps (ou o Google Docs, se você quiser seguir o caminho livre) para seus documentos. Ele lhe dará edição colaborativa em tempo real e fornece uma maneira natural de compartilhar documentos. Também salva todas as revisões de um documento.
Sugiro usar um pacote de contabilidade real, como o QuickBooks, para acompanhar suas faturas e faturas.
Para colaboração adicional, o WebEx é o padrão de fato, mas também há vários outros sistemas gratuitos de webconferência / compartilhamento de tela que também podem ser adequados às suas necessidades, já que sua empresa ainda é muito pequena.
Para gerenciar todas as suas contas de clientes, você deve usar algo como o Salesforce.com ou outro sistema de CRM. (Mas, esteja avisado, qualquer sistema de CRM exigirá alguma antecipação e personalização para que possa ser usado em seu negócio específico.) Você pode tentar usar uma planilha, mas a planilha ficará muito difícil de manter.
Para documentar seus processos de negócios, você deve considerar a criação de um wiki. Indo além, você também pode configurar um sistema de tickets como o Fogbugz (se seu sistema de CRM ainda não tiver um) que permite criar entradas para cada um dos itens de ação de suas reuniões e acompanhar o status até cada tarefa foi concluído.