Se o aplicativo foi codificado para usar arquivos de configuração no mesmo diretório, os usuários encontrarão problemas. Tenho certeza de que você também não deseja conceder permissões de gravação ao compartilhamento de rede para usuários. Certifique-se de que o aplicativo possa ser configurado para gravar as configurações do usuário em seu diretório pessoal, caso ele seja salvo.
Os aplicativos .NET também não permitem o uso de DLLs em unidades em rede ou mapeadas. Você pode ler como corrigir este aqui .