Como a tecla FN não é manipulada pelo driver de teclado do Windows, qualquer remapeamento é impossível em qualquer utilitário do Windows que alterne chaves, porque não gera códigos de verificação.
Portanto, você deve considerar seu BIOS para ver se uma opção "Swap FN e CTRL" já existe. Caso contrário, talvez uma futura atualização do BIOS resolva o problema.
Enquanto isso, você pode usar essa solução (apenas brincando):