Você pode combinar find
e cpio
para fazer uma lista de subdiretórios a partir do diretório de trabalho atual:
find . -type d -print | cpio -oO dirs.cpio
Para recriar essa hierarquia de diretórios na máquina remota, copie o arquivo dirs.cpio
para o local desejado e execute:
cpio -iI dirs.cpio