Se a criação de uma unidade USB inicializável com o Windows fosse tão fácil quanto a clonagem de unidades ou uma instalação de reparo.
O Windows não foi projetado para inicializar e executar a partir de USB.
Eu não diria que é totalmente impossível, mas certamente é uma tarefa difícil o suficiente para fazer uma instalação do Windows nova (completa, não BartPE) em uma unidade USB.
No eeeuser.com, temos um wiki decente, que vai mantê-lo ocupado por um dia ou dois, pelo menos você terá uma idéia do que está envolvido no processo.
Instalação do Windows XP Professional no cartão SD ou SDHC
Substitua "cartão SD ou SDHC" pela sua unidade USB externa e divirta-se. Tenha em mente que isso foi escrito especificamente para o Eee PC, então você terá que alterar algumas configurações de acordo com suas necessidades.