Eu tentaria o seguinte:
- Fazer backup do seu e-mail - faça uma cópia de ~ / Library / Mail
- Crie uma nova conta no Mail para se conectar ao servidor Exchange. O correio levará seu tempo e sincronizará o email com o que está armazenado no servidor.
- Se houver algum email armazenado localmente (com a conta POP3) que você deseja armazenar no servidor do Exchange, arraste-o para uma pasta na nova conta. Isso atualizará as cópias locais e do lado do servidor do email.
Se a sua conta POP3 foi configurada para baixar todos os emails e armazenar em diretórios locais, você pode deixar o email onde está e não copiá-lo para o servidor. Você ainda poderá acessá-lo. Basta desligar a conta automática do novo e-mail da conta POP3.
Pessoalmente, prefiro que o Exchange seja o armazenamento principal do meu email - SE você confia nos administradores do servidor manutenção e backups adequados.