Primeiro de tudo:
dig registry.mynet
Realiza somente consultas IPv4 ( [A] consultas). Seu dnsmasq está respondendo bem a essas consultas. Você pode forçar dig a fazer AAAA consultas fazendo:
dig registry.mynet AAAA
Nos registros, você pode ver que http está enviando consultas IPv4 e IPv6 ( [AAAA] consultas). Seu dnsmasq está respondendo ao primeiro, mas não o último, talvez porque você não configurou endereços IPv6 para seus hosts.
Você pode evitar isso certificando-se de que dnsmasq não está encaminhando solicitações de hosts em sua rede:
local=/mynet/