Is there a per-app update setting anywhere?
As únicas duas opções existentes, para lidar com a atualização da aplicação UWP instalada, é permitir que elas sejam instaladas automaticamente ou atualizadas manualmente.
A única exceção a essa declaração é se você estava conectado a um domínio e os aplicativos UWP instalados estavam sendo atualizados por um administrador no domínio. Nesse caso, a Administração poderia escolher quais atualizações seriam enviadas para aplicativos específicos, sem ser a pessoa no domínio que você deseja, não é possível.
Você teria que usar o Microsoft Store for Business ou o Microsoft Store for Education para que isso funcionasse e, mesmo assim, você só poderia optar por atualizar todos os aplicativos instalados automaticamente ou instalar manualmente as atualizações nesses aplicativos.