Sorry if the title is bad, I don't know what to call it.
O título é (aproximadamente) preciso. Embora sejam links da Web, o que você está vendo é uma representação de um diretório, com cada link "pasta" sendo um "subdiretório", muito parecido com um explorador de arquivos tradicional.
When I right-click > Save As... it only wants to save it as an HTML file.
Porque isso é tudo o que existe (pelo menos no ponto em que você está). A listagem de diretórios principal é um arquivo HTML e os links de diretórios fornecem links para mais arquivos HTML (representando subdiretórios adicionais).
How do I download this directory without saving it as a webpage?
Suponho que o que você realmente quer é baixar um ou mais arquivos nos subdiretórios.
Como indicado nos comentários, você pode escolher o diretório apropriado e continuar clicando até chegar ao link correto do arquivo .iso (que você pode clicar com o botão direito em > Salvar como ... para salvar).
Na chance de realmente querer todo o "diretório", você provavelmente usará uma ferramenta como wget ou curl . Observe que wget fará downloads recursivos (ou seja, siga todos os links de diretórios e arquivos) nativamente, mas você precisará usar um script para fazer algo semelhante com curl .
Observe que cada diretório provavelmente será muito grande, pois contém vários arquivos .iso , etc.