Uma solução é converter livros e depois exportá-los (pressionando o botão Salvar). Isso é tudo.
Claro, você tem que ter a caixa de seleção de transliteração desativada. (Preferências - Salvando livros em disco - Converter caracteres não ingleses para equivalentes em inglês)
Dessa forma, os livros armazenados na "Biblioteca Calibre" serão salvos com nomes transliterados, mas os livros no seu destino final terão nomes não transliterados.
Em alguns idiomas, como búlgaro, a transliteração funciona com erros e gera nomes muito estranhos (3.23). Por causa disso eu precisei muito de transliteração.