É melhor nos dar um exemplo de seu arquivo /etc/mkinitcpio.conf.
Você pode usar o seguinte comando para alterar o arquivo, supondo que haja apenas uma instância de: ()
sed -i 's/()/(vfio vfio_iommu_type1 vfio_pci vfio_virqfd)/g' /etc/mkinitcpio.conf
Para alterá-lo de volta, faça o oposto:
sed -i 's/(vfio vfio_iommu_type1 vfio_pci vfio_virqfd)/()/g' /etc/mkinitcpio.conf
Supondo que há várias ocorrências, você pode fazer o seguinte:
sed -i '7s/MODULES=\(\)/MODULES=(vfio vfio_iommu_type1 vfio_pci vfio_virqfd)/ /etc/mkinitcpio.conf
7 seria o número da linha em que a instância que você deseja alterar aparece.