Sim, isso será um grande problema. Também é uma grande preocupação de segurança.
A única maneira limpa de reverter a mudança que eu posso imaginar é Restauração do Sistema ao ponto antes de você fazer a mudar.
Outra maneira que não é tão limpa, mas poderia ser uma opção se você não tem um ponto de restauração, é usar icacls .
Primeiro, encontre uma máquina não afetada com a mesma versão do sistema operacional e execute icacls para salvar as permissões da árvore inteira em C:\windows\system32\
:
icacls c:\windows\system32\ /save FreshWin32Permissions /T /C /Q
Copie o arquivo que você criou na máquina afetada (via rede ou chave USB) e restaure as permissões executando:
icacls c:\windows\system32\ /restore FreshWin32Permissions /T /C /Q
Para mais informações sobre o método acima, verifique esta postagem: link
Isso também me faz lembrar de " eu acidentalmente ... ". Espero que o seu post não seja uma dessas piadas.