Em man 8 mkisofs
:
-cache-inodes
Cache inode and device numbers to find hard links to files. Ifmkisofs
finds a hard link (a file with multiple names), then the file will only appear once on the CD. This helps to save space on the CD.
Isso significa que, em geral, pode haver arquivos com hardlink em um CD. Nesse caso, basta copiar todos os arquivos para quebrar os hardlinks e fazer com que todos os arquivos resultantes no HDD ocupem espaço por conta própria.