Você pode especificar o tamanho da janela Conexão de Área de Trabalho Remota incluindo as opções /w e /h no comando para iniciar a conexão.
Por exemplo, para se conectar ao servidor chamado MYSERVER com um tamanho de janela de 1920x1080, use o comando:
mstsc.exe /v:MYSERVER /w:1920 /h:1080
Você pode ver a lista completa de opções de linha de comando disponíveis executando mstsc /? . Aqui estão as opções disponíveis em uma máquina Ultimate de 64 bits do Windows 7 executando o SP1: