Você pode usar o construtor da classe .NET Framework X509Certificate2
que apenas recebe um nome de arquivo:
$cert = New-Object System.Security.Cryptography.X509Certificates.X509Certificate2 'C:\path\to\mycert.cer'
$thumbprint = $cert.Thumbprint
O objeto $cert
aqui é do mesmo tipo que os objetos que você obtém da unidade Cert:\
, portanto todos os outros métodos e propriedades estão disponíveis. Você também pode carregar informações de diversos formatos de certificados diferentes.