Você pode ter monitores calibrados separadamente, mas somente usando o Xinerama. Infelizmente, NVidia e Xinerama de alguma forma parecem bagunçar a extensão RandR X e você perde a capacidade de ativar os efeitos da área de trabalho. É lamentável para mim, porque eu faço um efeito sutil, como sombras de janelas e algumas animações aqui e ali. Note que isso provavelmente irá quebrar o Unity, que usa o Compiz!
Para ativar o Xinerama, você só precisa usar o programa NVidia X Server Settings que vem com o driver NVidia. No openSUSE que eu uso, é chamado nvidia-settings. Se você não tiver instalado, acho que será uma busca rápida e instalará a partir dos repositórios.
Venha para pensar sobre isso, para ter ativado o TwinView, você deve ter usado o programa NVidia, então você deve tê-lo de qualquer maneira!
No programa NVidia, vá para "X Server Display Configuration" e marque "Enable Xinerama", então certifique-se de que os monitores estão posicionados apropriadamente e selecione cada um deles e para Configuration selecione "Separate X screen". Em seguida, clique em "Salvar no arquivo de configuração X" e atribua a ele um nome de arquivo.
Em seguida, você precisa fazer o X usar esse arquivo de configuração toda vez que ele for iniciado. No openSUSE eu criei um link simbólico chamado xorg.conf em /etc/X11/xorg.conf.d/ apontando para o arquivo de configuração no meu diretório home. Você pode simplesmente copiar o arquivo para aquele local, mas você deve nomear o arquivo xorg.conf. Se no Ubuntu a localização é diferente, você vai querer pesquisar um pouco.
A seguir, você sai, que deve reiniciar o X Server com a nova configuração. Faça o login novamente, você deve ter sua configuração de monitor duplo funcionando, sem os efeitos da área de trabalho ...
A próxima coisa na lista é a calibragem e o perfil do monitor. Eu tenho um dispositivo Spyder2 e usei o Argyll CMS para fazer isso. Se você não sabe, o Argyll é um pacote excelente que pode calibrar seus monitores com precisão e produzir perfis de alta qualidade. O ruim é que tem uma curva de aprendizado bastante íngreme. Existe uma GUI de utilitários que facilita um pouco as coisas, chamada dispcalGUI, confira.
Eu fiz toda essa saga e tenho uma configuração de cabeça dupla devidamente calibrada / com perfil que fica bem, embora sem efeitos de área de trabalho. Eu uso o Gnome 2, então eu não tenho um problema real usando meu sistema, sua milhagem pode variar se você usar um dos ambientes mais novos.
Caso você tenha uma configuração inutilizável, basta reinicializar no modo de usuário único (anexar "single" - sem aspas - à linha de comando do kernel no menu inicial do boot loader) e remover o link simbólico acima (ou renomear o arquivo para algo diferente de xorg.conf), então reinicie novamente. Você deveria estar bem.