Quando você abre a Conexão de Área de Trabalho Remota:
- clique em "Mostrar opções" no canto inferior esquerdo
- clique em "Recursos locais"
- clique no menu suspenso "teclado" e escolha "Somente ao usar a tela inteira"
Em seguida, clique em conectar. As configurações devem ser salvas, então você só precisa mudar isso uma vez.
Você também pode escolher "No computador remoto" para que os atalhos funcionem fora da tela inteira.